An der Südseite des Hauptsitzes wurden die neuen Scheiben Mitte September 2018 eingesetzt. Die Erneuerung auf der gegenüberliegenden Seite erfolgt im Frühjahr 2019.
Gestaltet wurden die Fenster von der halleschen Künstlerin Christine Triebsch, die an der Burg Giebichenstein Kunsthochschule Halle studiert hat und dort nun Professorin für Malerei/Glas ist. Triebschs Entwurf ist ein geometrisches Zusammenspiel von Dreiecks- und Quadratformen, die sich zu immer neuen Mustern zusammensetzen und gleichzeitig einer geometrischen Gesetzmäßigkeit folgen. Die Gesetzmäßigkeit sieht die Künstlerin als Metapher, sie „entspricht dem logischen Denken als traditionellem Ausdruck menschlichen Forschens und Strebens“, schreibt Triebsch in ihrem Entwurf. Angefertigt wurden die Glasfenster von der Glasmalerei Peters in Paderborn. Die Quadrate und Dreiecke sind kassettiert, also innerhalb von Rechtecken angeordnet.
Die Kosten des Vorhabens, die der Leopoldina Akademie Freundeskreis e. V. trägt, belaufen sich auf rund 80.000 Euro. Die Akademie hatte insgesamt vier Künstlerinnen und Künstler gebeten, Entwürfe für die Gestaltung der Fenster einzureichen. Alle sind überregional arbeitende und bekannte Absolventinnen und Absolventen der Burg Giebichenstein Kunsthochschule Halle. Ausgewählt wurde Christine Triebschs Entwurf von einer Kommission, der unter anderem der Architekt Norbert Hippler, der die Sanierung des Leopoldina-Hauptgebäudes betreut hat, der hallesche Bildhauer Prof. Bernd Göbel und Helmut Brade, Grafikdesigner und bis zu seinem Ruhestand Professor für Kommunikationsdesign an der Burg Giebichenstein, angehörten.
Seit Ende des 19. Jahrhunderts zierten bemalte Bleiglasfenster das Treppenhaus des Gebäudes auf dem Jägerberg, das damals Sitz der Freimaurerloge „Zu den Drei Degen“ war, bemalte Bleiglasfenster. Die Malereien zeigten Johannes den Täufer und die Heilige Elisabeth. In der Zeit des Nationalsozialismus übertrug die Loge das Anwesen unter dem Druck des Regimes auf die Stadt Halle. Die bemalten Bleiglasfenster wurden nachfolgend gegen einfach gestaltete Gläser ausgetauscht.
Die nun erfolgte Erneuerung der Glasfenster stellt einen weiteren Meilenstein in der künstlerischen Gestaltung des Hauptgebäudes der Leopoldina dar.